Commissies zijn onmisbaar in de huidige werkwijze van de KNWU. De commissies bereiden te voeren beleid voor het hoofdbestuur voor en zorgen voor de uitvoering van dit beleid. Er bestaan vier sporttakcommissies. Daarnaast heeft de KNWU een commussie Jury en Reglementen, commissie van beroep, protestcommissie, antidopingcomissie en een financiële commissie.