Aan het hoofd van het Uniebureau staat de directeur, en tevens enig bestuurder van de KNWU. De directeur-bestuurder rapporteert aan de raad van toezicht en doet voorstellen aan de ledenraad ter goedkeuring.
| Naam | Functie | Nevenfuncties |
| Maurice Leeser | Directeur-bestuurder KNWU tot en met 17 juni 2026 |
|
| Andreas Roodbeen | Interim Directeur-bestuurder KNWU vanaf 17 juni 2026 |
|